פרשת אלטלנה
אחד האתגרים המרכזיים בימיה הראשונים של המדינה היה למזג את המחתרות השונות שפעלו בתקופת המנדט הבריטי לצבא ממלכתי אחד. המעבר מפעילות המחתרות ל'צבא ההגנה לישראל' לא היה חלק והגיע לשיאו האלים סביב פרשת הספינה אלטלנה, שנרכשה על-ידי האצ"ל והגיעה לחופי ישראל ביוני 1948 ועליה כלי נשק רבים שנועדו במקורם לשימוש האצ"ל. ממשלת ישראל הצעירה בראשות דוד בן גוריון, דרשה להעביר את כלי הנשק לרשות צה"ל בעוד שמנחם בגין, מנהיג האצ"ל דרש שלפחות חלקו יועבר ליחידות האצ"ל.
בשיאו של המשבר התרחשה התנגשות אלימה בין כוחות צה"ל ללוחמי האצ"ל על הספינה שעגנה מול חופי תל אביב, במהלכה נהרגו 3 חיילי צה"ל ו-16 לוחמי אצ"ל.
תהליך פירוק המחתרות, ביניהן גם פירוק הפלמ"ח, לווה בביקורת פוליטית נוקבת כלפי בן גוריון בטענות על הפעלת כוח מופרז ועל עירוב מניעים פוליטיים-מפלגתיים. עם זאת, בעיני רבים היו אלה צעדים חיוניים בדרך לביסוס הריבונות של המדינה הצעירה ומה שיהפוך ברבות הימים לצבא החזק ביותר במזרח התיכון.