התוכנית לדת ומדינה
המתח בין דת ומדינה מלווה את מדינת ישראל מאז היווסדה. תורמים לכך הגידול הדמוגרפי במספר הדתיים (חרדים ודתיים לאומיים), הקצנה בעמדות דתיות ולאומיות של חלקים בולטים בציבור הדתי, עליית משקלם של הדתיים בפוליטיקה ובמערכות השלטון, והחלשת הסולידריות והחרפת השסע בין דתיים וחילוניים.
הזהות הדתית משפיעה על אופיו של המרחב הציבורי בישראל, גבולות הזהות היהודית, הוויכוח על גבולות המדינה, דיני אישות, דמותה של השבת, מעמדן של נשים, זכויותיהם של בני מיעוטים לאומיים, מעמדם של בעלי נטיות מיניות שונות, היחס לערכי היסוד של דמוקרטיה ליבראלית, סמכותם של מוסדות המדינה, בתי משפט, צבא, ונושאים רבים אחרים.
התכנית עוסקת באתגרים המוסדיים-משפטיים הנוגעים לחקיקה העוסקת בתחומי דת ומדינה; כמו גם במתח שבין הערכים הדתיים והדמוקרטיים; וכן בהתמודדות הציבורית עם תהליכים בחברה הדתית המאיימים לפגוע בערכים דמוקרטיים. המכון מבקש להשפיע על עיצוב זהותה של מדינת ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית, ומבקש במחקריו ובפעילות היישום שלו, לאפשר ל"דת" ול"מדינה" להכיל זו את זו ובכך להעשיר את הקיום הישראלי הן בצד הדמוקרטי, האוניברסלי, והן בצד היהודי, הפרטיקולארי.